由于其营养丰富 ， 味道鲜美 ， 文昌鱼在东南亚是一种传统美食 ， 福建闽南一带也曾经有捕捞文昌鱼的传统 。
由于文昌鱼对生态环境要求严格 ， 栖息地易受人为破坏 ， 资源量已大幅减少 ， 中国已将其列为国家二级保护动物 。

但文昌鱼最大的价值在于它原始脊索动物的身份 ， 是从低级无脊椎动物进化到高等脊椎动物的中间过渡动物 ， 是脊椎动物起源和演化研究的活化石 。
如此重要的动物 ， 头索动物仅存的物种 ， 却一点也不出名 ， 甚至很少为大众知道 ， 这个现象确实让人难以置信 。

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